عفو وگذشت ملا حسین قلی همدانی

کرامت نفس و بزرگواری ایشان از جمله خصلت‌هایی است که در شاگردان و یاران او نفوذ کرده بود. در این مورد، علامه طهرانی از نوة آخوند نقل می‌کند: «در یکی از سفرهای زیارتی که آخوند با اصحابشان پیاده به کربلا مشرف می‌شدند، در راه، راهزنان بیابانی اموال ایشان را غارت کرده و هر چه دارند، می‌ربایند. سپس که عارف همدانی را می‌شناسند، به حضورشان آمده و هر چه ربوده بودند، تقدیم کرده و معذرت می‌خواهند. آخوند ملا حسینقلی فقط کتابهای وقفی را که ربوده بودند، پس می‌گیرد و بقیة کتب و اموال را نمی‌گیرد و می‌فرماید: «به مجرّد سرقت، من ایشان را حلال کردم؛ چو راضی نشدم به واسطة من خداوند کسی را در آتش دوزخ بسوزاند و نمی‌خواهم به خاطر من لقمة حرام از گلوی کسی پائین برود و موعظه در او بی‌اثر باشد.»